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samtools faidx创建fasta格式文件索引fai

发布于:17-03-07  |   作者:邓飞龙

fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 用法: samtools faidx

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标签:samtools 日志分类:生信软件围观群众:236人
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使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:17-03-07  |   作者:邓飞龙

输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式 specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 例: 12 21100 41200 #取12号染色体21100-41200区间的序列 1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式 samtools view -Sb reads_mapto_genom

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标签:samtools 日志分类:学习笔记围观群众:151人
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