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circos命令行常用指令和参数

发布于:16-11-16  |   作者:admin

所谓常用还是有点勉强,作图基本上很少用到这些命令,只需要在配置文件里面写入即可。只是有时候需要对circos的参数做临时性的改动,避免对配置文件频繁改动,才会使用这些命令。

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从基因组可视化工具——circos说起,circos安装

发布于:16-11-16  |   作者:admin

这是博客改版的第一篇博文,选择最近使用的生物信息学软件circos开始写起。circos是用perl写的生物软件,从发表的文章来看 学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法,搞清楚其中的标签、参数的含义。只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:4618人
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circos绘图highlight.conf设置-绘制多层染色体圈图

发布于:15-09-24  |   作者:admin

在基因组绘图中,多层圈图是不得不提的重要内容。大多数情况下不可能只绘制一个基因组,还需要绘制其他 圈层来表达数据的内容。因此就可以使用highlight来表达。 highlight设置(重要的部分,主要用于多层全图的绘制) 1、highlights #highlight的最顶层标签

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:2689人
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学习circos先了解的circos概念

发布于:15-09-22  |   作者:admin

学习circos之前,了解一下几个基本的概念对于学习更加容易轻松。 1、 调用外部文件 为了是的配置文件更加清晰易读,往往会把配置文件分开,然后再在-confFILE的FILE文件(默认circos.conf)中集中调用。 circos配置文件一般是命名为ideogram.conf(染色体配置

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:2254人
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circos中的ticks(刻度)的绘制

发布于:15-09-22  |   作者:admin

使用circos绘制图的时候可能需要使用刻度来表示序列长度之类的,ticks标签下的参数就是来控制刻度的。在配置文件的根下(即:没有任何标签包围的区块),可以设置show_ticks参数来控制是否显示刻度。另外与之相对应的还有刻度的标签也是可以通过show_tick_la

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:597人
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circos绘图ideogram.conf文件的配置

发布于:15-09-22  |   作者:admin

ideogram在基因组绘图中往往表示的就是染色体,在大多数情况下,ideogram是配置文件中重要的部分,也是相对参数较多的circos配置文件。主要内容包括染色体的半径、宽度、颜色,染色体排列方式以及它们之间的间隔距离等。 1、参数的含义 首先写一个范例来说明

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:2499人
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