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Soap2/ SOAPaligner短序列比对软件用法

发布于:15-10-13  |   作者:admin

Soap2/ SOAPaligner 短序列比对软件,没有提供源代码,所以只能下载对应版本,如果没有就联系官方。

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:1338人
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SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式,比如tophat输出BAM格式,bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式,占用存储空间更

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:10888人
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tophat输出结果做RNA-seQC简单介绍

发布于:15-09-22  |   作者:admin

tophat输出结果主要内容为包含了alignment的bam文件,对bam文件的质量评价可以使用RNA-seQC。可用于一个或者多个bam文件的质量评价。起主要输出结果包含: Reads读取 总的,独特,复制的Reads 定位的Reads和定位的独特Reads rRNA Reads 转录-注解Reads(基因

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:1737人
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bam/sam格式说明

发布于:15-09-22  |   作者:admin

帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询。 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:3441人
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分享一个htseq-count简单修改版

发布于:15-09-22  |   作者:admin

由于做RNA-seq用到了htseq-count,出于偷懒的目的,简单修改了一下htseq-count,不用再一个个的sam文件输入文件再得到一个个独立的结果文件。修改之后可以直接以list的形式输入,再得到一个count table。 输入文件格式为一行一个输入,可以以相对路径或者绝

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:1355人
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