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samtools faidx创建fasta格式文件索引fai

发布于:17-03-07  |   作者:邓飞龙

fasta是常用的序列存储格式,软件对序列进行快速查找的时候通常需要建立索引文件,例如在GATK、IGV等软件中导入序列的时候都需要建立索引。fasta格式文件的一种索引为fai结尾的文件,可以使用samtools faidx命令创建,具体用法如下: 用法: samtools faidx

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标签:samtools 日志分类:生信软件围观群众:229人
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tophat2中的-r/--mate-inner-dist和--mate-std-dev参数

发布于:15-12-25  |   作者:邓飞龙

Tophat2 在RNA-Seq中的重要性自然不言而喻,废话不多说,直接说说其中两个让我纠结好久的参数-r/--mate-inner-dist和--mate-std-dev。 首先解释两个参数:-r/--mate-inner-dist(官网解释:This is the expected (mean) inner distance between mate pairs.

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:428人
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pdf转tiff工具,在线使用方便快捷【推荐】

发布于:15-11-26  |   作者:邓飞龙

杂志要求tiff图片,之前用过一个pdf转tiff的软件,但是实在忘记放哪里了,找了半天也没有能在网上找到。而上网搜索了一大堆类似软件都不好用,居然还遇到一个在输出图片上打watermark的,最后找到这个pdf转tiff的在线工具,用起来方便,推荐给大家(也算我自

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:181人
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使用PBS命令在服务器集群运行软件

发布于:15-10-26  |   作者:邓飞龙

图来自网络,与博文内容无直接关系 一.启动pbs服务 1. 启动pbs服务端(主节点即为服务端) /etc/init.d/pbs_server start 2. 启动客户端(主节点和其他节点都可以计算,因此都可以打开) /etc/init.d/pbs_mom start (注意:除start外,还可以status, resta

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:222人
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用bedtools计算序列覆盖度coverage

发布于:15-10-13  |   作者:邓飞龙

为了来根据我的contig coverage来聚类,我通过bowtie比对reads和contig,获得了比对的sam文件,然后通过samtools进行了处理,但是得到的结果只有多少条reads匹配到我的contig上,不是coverage.(具体怎么操作,之前博文有交代)。 接着我采用bedtools来接着对sam

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标签: 日志分类:生信软件围观群众:1706人
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