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circos中的ticks(刻度)的绘制

发布于:2015-09-22  |   作者:admin  |   已聚集:人围观

    使用circos绘制图的时候可能需要使用刻度来表示序列长度之类的,<ticks>标签下的参数就是来控制刻度的。在配置文件的根下(即:没有任何标签包围的区块),可以设置show_ticks参数来控制是否显示刻度。另外与之相对应的还有刻度的标签也是可以通过show_tick_labels来控制是否显示。show_tick_labels    = yes

show_ticks          = yes

    <ticks></ticks>标签对内放置所有关于刻度的参数,包括其子标签(<tick></tick>)。【注意,<tick></tick>标签对必须在<ticks></ticks>标签对之内,<tick></tick>标签不可以单独使用】。

 

 

<ticks>#chromosomes_display_default = yeschromosomes_display_default = no# no ticks on chromosomes hs1 and hs2# use with chromosomes_display_default = yes# chromosomes = -hs1;-hs2:0-100;-hs3:100-)chromosomes = hs1;hs2:0-100;hs3:100-)
radius               = dims(ideogram,radius_outer)
orientation          = out
label_multiplier     = 1e-6
<tick>#chromosomes    = -hs2spacing        = 1u
size           = 4p
thickness      = 2p
color          = lgrey
show_label     = no
</tick>
<tick>
chromosomes    = hs4
spacing        = 5u
size           = 8p
thickness      = 2p
color          = dgrey
show_label     = yes
label_size     = 12p
label_offset   = 3p
format         = %d
</tick>
<tick>
chromosomes    = -hs2;hs5
spacing        = 10u
size           = 12p
thickness      = 2p
color          = black
show_label     = yes
label_size     = 20p
label_offset   = 5p
format         = %d
</tick>
</ticks>
标签:circos(6)
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