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htseq-count使用方法和参数简要说明

发布于:15-09-22  |   作者:admin

htseq-count是一款用于reads计数的轻便软件,作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果,而我则用于tophat2的输出文件做计数。不过貌似所有能转换为sam格式文件的输出都可以用htseq-count计数。 htseq-count的输入文件 输入为sam格式的文件,如果是paire

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标签:htseq-count 日志分类:杂七杂八围观群众:6358人
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R语言里面的因子(factor)

发布于:15-09-22  |   作者:admin

统计基础不好,所以一直无法理解R语言中的因子(factor),复习笔记的时候突然有了新的理解,立马再做个笔记,同时也与同样基础 薄弱的网友分享我的理解。 在R语言中,因子(factor)表示的是一个符号、一个编号或者一个等级,即,一个点。例如,人的个数可

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标签:R 日志分类:杂七杂八围观群众:6313人
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博主个人吐糟,各位朋友全当看笑话吧。今日依然坚持起床看火箭的比赛,在直播导航上面看到pps有NBA直播,正好有安装该软件,就进入观看了今日NBA的直播。但是看的途中让我倍感压力,pps的这位解说和嘉宾着实让我很生气,再加上今日火箭输球,让我在此一吐为

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:89人
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bam/sam格式说明

发布于:15-09-22  |   作者:admin

帮朋友处理sam各式文件,又记不住sam各式每列代表的什么内容,干脆转个帖子留着以后查询。 在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔,从左到右分别是: 1 序列的名字 2 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1? 序列是一对序列中的一个 2? 比对结

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:3421人
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分享一个htseq-count简单修改版

发布于:15-09-22  |   作者:admin

由于做RNA-seq用到了htseq-count,出于偷懒的目的,简单修改了一下htseq-count,不用再一个个的sam文件输入文件再得到一个个独立的结果文件。修改之后可以直接以list的形式输入,再得到一个count table。 输入文件格式为一行一个输入,可以以相对路径或者绝

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:1289人
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bedtools merge 用法

发布于:15-09-22  |   作者:admin

Bedtools merge 用于合并位于同一个 bed/gff/vcf 文件中的重叠区域。 Bedtools merge [OPTION] i bed/gff/vcf -s 必须相同 ( 正负 ) 链的区域才合并(软件默认不考虑正负链特征) -n 报告合并的区域数量,没有被合并则 1 -d 两个独立区域间距小于(等于)该

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:849人
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分析序列的手机APP,外国哥们真敢想

发布于:15-09-22  |   作者:admin

新加坡的一哥们在bioinformatics上发表了一篇中国人想都不敢想,想了也不敢做,做了也不敢写,写了也不敢发表的文章基于安卓和iso的序列分析软件。软件非常简单,只能对ab1格式文件可视化,对序列做简单的方向互补、翻译和序列搜索。这些功能在电脑上简直就

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:183人
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利用R做三维图

发布于:15-09-22  |   作者:admin

1、plot3d(x,y,z) ,其中x,y,z是数值型向量,代表各个点 这个图形允许你对三维的散点图进行交互式操作,让你可以从多个角度观测绘制的数据点。 可以用鼠标旋转坐标轴 ,你会发现三维散点图的旋转能使你更轻松地理解图形。 library(rgl)attach(mtcars)plot3d(

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标签:R 日志分类:杂七杂八围观群众:594人
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