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学习circos先了解的circos概念

发布于:15-09-22  |   作者:admin

学习circos之前,了解一下几个基本的概念对于学习更加容易轻松。 1、 调用外部文件 为了是的配置文件更加清晰易读,往往会把配置文件分开,然后再在-confFILE的FILE文件(默认circos.conf)中集中调用。 circos配置文件一般是命名为ideogram.conf(染色体配置

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:2131人
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DNA序列比对,Needleman-Wunsch算法的python实现

发布于:15-09-22  |   作者:admin

Needleman-Wunsch算法也算是DNA序列比对中的经典算法了,由于写一个OTU聚类软件的需要,仔细研究了一下NW算法,然后用python编程实现。再次,就不解释Needleman-Wunsch算法的具体内容(网上能搜索到一大堆,好吧,我承认其实是因为我很难说清楚)。下面的代

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标签:python 日志分类:杂七杂八围观群众:1223人
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上微信配肉牛饲料-我们团队的首个应用级产品

发布于:15-09-22  |   作者:admin

肉牛养殖和其他常见家畜养殖相比,是规模化和集约化程度最低的家畜之一,其饲料生产也并不像猪、禽类等那么成熟。于是,我们结合微信开发了这款肉牛饲料配方系统,希望能够对小规模肉牛养殖户有所帮助。 该系统由我的导师陈仕毅指导,阳凡进行模型建立和数据

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标签: 日志分类:杂七杂八围观群众:186人
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circos中的ticks(刻度)的绘制

发布于:15-09-22  |   作者:admin

使用circos绘制图的时候可能需要使用刻度来表示序列长度之类的,ticks标签下的参数就是来控制刻度的。在配置文件的根下(即:没有任何标签包围的区块),可以设置show_ticks参数来控制是否显示刻度。另外与之相对应的还有刻度的标签也是可以通过show_tick_la

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:580人
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SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式,比如tophat输出BAM格式,bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式,占用存储空间更

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:10256人
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tophat输出结果做RNA-seQC简单介绍

发布于:15-09-22  |   作者:admin

tophat输出结果主要内容为包含了alignment的bam文件,对bam文件的质量评价可以使用RNA-seQC。可用于一个或者多个bam文件的质量评价。起主要输出结果包含: Reads读取 总的,独特,复制的Reads 定位的Reads和定位的独特Reads rRNA Reads 转录-注解Reads(基因

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标签:生物信息学软件 日志分类:杂七杂八围观群众:1627人
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python读写数据的中文编码问题

发布于:15-09-22  |   作者:admin

使用python读写中文的时候,编码问题总是让我们这些半路出家的人很是痛苦。博主最近在写两个GUI软件的时候就被编码问题折腾得够呛,因此,特地分享一下在使用python编程过程中的中文编码问题。 书写python脚本的时候,如果你想在程序/脚本中加入中文元素,在

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标签:python 日志分类:杂七杂八围观群众:299人
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circos绘图ideogram.conf文件的配置

发布于:15-09-22  |   作者:admin

ideogram在基因组绘图中往往表示的就是染色体,在大多数情况下,ideogram是配置文件中重要的部分,也是相对参数较多的circos配置文件。主要内容包括染色体的半径、宽度、颜色,染色体排列方式以及它们之间的间隔距离等。 1、参数的含义 首先写一个范例来说明

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标签:circos 日志分类:杂七杂八围观群众:2471人
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