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circos绘图highlight.conf设置-绘制多层染色体圈图

发布于:2015-09-24  |   作者:admin  |   已聚集:人围观

  在基因组绘图中,多层圈图是不得不提的重要内容。大多数情况下不可能只绘制一个基因组,还需要绘制其他circos圈层来表达数据的内容。因此就可以使用highlight来表达。

 highlight设置(重要的部分,主要用于多层全图的绘制)

1、<highlights>  #highlight的最顶层标签对,位于ideogram标签对内,包含了多个<highlight> 标签

<highlight>  #设置单个highlight圈图的参数

</highlight>

<highlight> ......</highlight>

</highlights>

2、主要参数:

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Description

Remark

r0r1

r0 - inner radius of highlight

r1 - outer radius of highlight

r0表示highlight圈图的内径,r1表示其外径,最终形成的圈图在r0r1之间。绘制高亮的折线图,可以在数据文件中设置r0r1,可以形成折现效果。

Z

 z-depth of the highlight, controlling the  order in which highlights are drawn

绘图的顺序,初始化为z=0,然后按照顺序一次绘制。一般按半径大小,从大到小绘制。后绘制的图会覆盖先绘制的。

offset

an offset applied to both r0 and r1 (useful for  overriding default r0,r1 values defined at lower precedence)

内外径的偏移值,用于对r0r1的同时修改,尤其是在数据中设置r0r1时可以在这里直接整体修改。

fill_color 

color of the highlight slice

填充颜色,可以在数据文件中设置。???

stroke_color

color of the highlight border, drawn if  stroke_thickness is set

设置了边框的时候用来设置边框的颜色。

stroke_thickness

border thickness, if any, of the highlight  slice

边框的宽度,如果设置了边框。(同上)

ideogram

 toggles  the position of the highlight to be within the ideogram extent

该参数定义Highlight图形必须在ideogram的范围之内。

  以上参数中,z和fill_color必须在<highlights>下设置默认值,所有参数都可以为每个highlight单独设置,z和fill_color在<highlight>中设置则会覆盖最初设置的默认值(<highlights>下设置的值)。

3、highlight的数据制作(技巧性步骤)

  highlight数据格式如下:

Id  start  end  other(color、z-path inner and outer etc)

其中,前三项是必须的内容,可以根据图片的需要设置该行数据的个性参数,如果不设置则使用统一的默认参数。

hs1 1298972 1300443 fill_color=blue   #单独定义数据的颜色

hs1 1311738 1324571 fill_color=red,r0=0.6r,r1=0.6r+50p  #单独定义数据的颜色,内径和外径。内外径  用相对值r1、r或者绝对值50p

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标签:circos(6)
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