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从基因组可视化工具——circos说起,circos安装

发布于:2016-11-16  |   作者:admin  |   已聚集:人围观

  这是博客改版的第一篇博文,选择最近使用的生物信息学软件——circos开始写起。circos是用perl写的生物软件,从发表的文章来看

circos

 

  学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法,搞清楚其中的标签、参数的含义。只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出主要用于基因组序列的可视化(绘制基因组圈图),至少目前我是用来干这个事情的。现在circos也被其他领域模仿用来做很多图形。

    你想要的图片。如果你的英语基础还不错,推荐直接到官方网站看教程,一遍看教程一遍练习上手会很快(官方教程地址:http://circos.ca/documentation/tutorials/)。如果读起来有困难,也可以参考一些中文的经验文章,目前好像也没有找到完整的中文教程。在豆瓣小组似乎有一个翻译计划,但是这么久也没有看到成果出来,所以我只能硬着头皮自己学习并做了一些笔记,随后在我的博客(www.dengfeilong.com)上分享出来。

    先说circos的安装, circos是免安装的perl软件,但是必须安装perl,我在用的ubuntu上自带了perl。如果没有安装,可以下载Strawberry Perl:http://strawberryperl.com/。除了perl,则是安装一些perl需要的cpan。方法(以linux系统为例):
  1、首先安装perl并检查哪些模块没有安装。cd到解压后的circos目录下,再操作一下命令。

> cd bin
> ./list.modules

    此时可以看到已安装的modules和未安装的modules,使用shell命令安装需要的perl模块。

 

> perl -MCPAN -e shell
...
cpan[1]>install Math::Bezier
...

 注意:需要注意安装的权限,在运行shell代码的时候可以用sudo perl-MCPAN -e shell

  安装全部modules之后就可以运行circos了,cd到example目录下运行run测试软件能否正常工作。如果在example目录下生成图片成功,则可以正常使用,如果不能,请看具体的错误提示。欢迎留言探讨。

标签:circos(6)
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