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circos命令行常用指令和参数

发布于:2016-11-16  |   作者:admin  |   已聚集:人围观

  所谓常用还是有点勉强,作图基本上很少用到这些命令,只需要在配置文件里面写入即可。只是有时候需要对circos的参数做临时性的改动,避免对配置文件频繁改动,才会使用这些命令。

  命令:../circos/bin/circos <option> [-conf file]

 

-conf FILE

配置文件,通常喜欢使用circos.conf(必须)

-param PATH/PARAM=VALUE

直接在命令行使用参数,适合临时性的调整,例如参数测试。例如:-param ideogram/spacing/default=0.01r

-cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]

数据转储,将数据存储在内存中,以供下一次继续使用。(不是太明白,我理解的是缓存的意思)

-version –help –man

查看系统版本、帮助和详细帮助文档

-outputdir DIR

输出文件存储位置,如果不设置则默认为当前目录下 ./(即在bin目录下)

-outputfile FILE

输出文件名称(给图片命名),只要名称,后缀名(.png  .svg)自动添加。该参数也可以在配置文件中设置。circos优先使用命令行设置的名称。文件名称不能以数字开头,中间不能有点(是否只支持字母、数字和下划线组成?)。

-png

创建png和svg格式图片,参数一般不适用,系统默认创建两种格式图片。但是可以用可用-nopng或者-nosvg阻止创建图片。

-svg

-color_cache_rebuild

强制更新颜色缓存,重定义颜色之后使用。

-color_cache_static

强制使用缓存里面的颜色(重定义的颜色也继续使用缓存中的定义颜色)例如,缓存为blue=00255而重新定义之后blue=00245),使用该参数之后,circos在绘图时仍然使用blue=00245

-randomcolor [COLOR1,COLOR2,...]

除了该参数指定的颜色,图片颜色按照默认方式填充。

-debug INT

错误修正提示

-debug_group GROUP,[GROUP,...]

使用use_all查看所有debug提示信息,+to可以加入新的提示,-to可以删除提示的地方。

-fakeerror GROUP,ERROR

模拟group中存在的错误

-paranoid

出现警告则终止

-silent

不统计运行时间

-warnings

默认警告,可以使用-nowarnings 关闭警告。

 

circos教程系列文章推荐:

1、circos安装与调试

2、circos配置文件说明

3、circos命令行常用指令与参数说明

4、circos绘图ideogram.conf配置文件详解(核心内容)

未完待续......

标签:circos(6)
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