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使用samtools/bedtools提取bam/sam文件指定区域reads

发布于:2017-03-07  |   作者:邓飞龙  |   已聚集:人围观
输入文件:reads_mapto_genome.sam #SAM格式
                specific_region.bed #第一列为染色体ID,第二三列分别为起始终止位置 
              例: 12  21100  41200  #取12号染色体21100-41200区间的序列
 
1. 将reads_mapto_genome.sam转换为BAM格式
samtools view -Sb  reads_mapto_genome.sam >  reads_mapto_genome.bam
#bedtools 不支持读入sam格式文件,不知道是否我使用上的问题
 
2. 获取指定区域reads
bedtools intersect -a reads_mapto_genome.bam -b specific_region.bed >target_reads.bam
标签:samtools(2)
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